Roskilde er kendt for sine mange vandmøller, der lå placeret i et hhv. østligt og vestligt vandførende strøg, der fik vand fra byens mange kilder. Mod vest drev Maglekilde ikke mindre end seks vandmøller, inden den fra sit udspring i nærheden af Roskilde Domkirke løb ud i Roskilde Fjord: Maglekilde Mølle, Vandhulsmølle, Sankt Mortens Mølle, Kapelsmøllen, Sankt Clara Mølle og sidst Strandmøllen.
Sankt Clara Mølle hørte oprindeligt under Sankt Clara Nonnekloster, men erhvervedes (sammen med klostret) i 1561 af Københavns Universitet. Den var oprindelig en kornmølle, men i 1831 fik den daværende fæster, møller Lars Jensen, kongelig bevilling til at udvide møllen til anlæg og drift af en papirmølle. Papirproduktionen foregik kun om sommeren, hvor de store engarealer omkring møllen blev brugt som tørreplads. Om vinteren blev der stadig drevet almindeligt kornmølleri. I 1834 beskrev S. Sterm møllen. På det tidspunkt ”sysselsætter [den] 3 Fabriksarbejdere, 1 Daglejer, og 6 Kludesamlere.”
Møller Lars Jensen ombyggede den oprindelige mølle, tilføjede en ny længe til oplagring og magasin, en længe til arbejderboliger samt som en nordlig længe en ny beboelsesbygning – den i dag fredede bygning.
Papirproduktionen var dog begrænset og af sekundær betydning indtil 1871, hvor møllen blev overtaget af J.C. Westberg. Han nedlagde kornmølleriet, udvidede fabriksarealerne, tilføjede en ny treetages bygning, foretog moderniseringer, installerede dampmaskine og papmaskine, så der kunne laves ”endeløst” papir. Der blev indrettet tørreloft, så produktionen kunne foregå hele året. Kornmølleriet ophørte, og papirfremstillingen blev udvidet med produktion af pap og støbepap. 
I første halvdel af 1900-tallet udbyggedes fabrikken flere gange, og omkring 1950 beskæftigede fabrikken ikke færre end 35 arbejdere. I 1957 blev produktionen indstillet på stedet efter 126 års virke, og i 1985 blev fabriksbygningerne nedrevet. Kun den såkaldte direktørbolig blev reddet og fredet og ligger nu som eneste synlige vidnesbyrd om Sankt Clara Mølles eksistens.

Bygningshistorie leveret af Roskilde Museum, 2011.